[Soutenance de thèse] 12/09/2025 – Margot Grimonpont : « Décrypter les modes d’action d’agents de biocontrôle de la pourriture blanche du colza » (UR INRAE PV)

Madame Margot GRIMONPONT soutiendra à huis clos ses travaux de thèse intitulés : « Décrypter les modes d’action d’agents de biocontrôle de la pourriture blanche du colza », dirigés par Monsieur Marc BARDIN, le vendredi 12 septembre 2025.

Laboratoire

• UPR 407 – PV – Pathologie végétale

Composition du jury de soutenance

M. Marc BARDIN	Avignon Université	Directeur de thèse
Mme Noadya MONNIER	Groupe Eléphant Vert France	Co-encadrante de thèse
Mme Eléonore ATTARD	université de Pau	Examinatrice
M. Ali SIAH	ISA-Junia	Examinateur
Mme Elodie VANDELLE	Université de Vérone, Italie	Rapporteure
M. Marc ONGENA	Université de Liège	Rapporteur

Résumé

Le champignon phytopathogène Sclerotinia sclerotiorum, agent causal de la pourriture blanche, infecte un large éventail de plantes hôtes et forme des structures de résistance qui lui permettent de survivre durablement dans le sol. À cela s’ajoutent l’émergence de souches résistantes aux fongicides et les restrictions croissantes quant à leur utilisation pour des raisons environnementales et sanitaires. Ces différents éléments rendent la gestion de cette maladie particulièrement difficile. Dans ce contexte, le développement de nouveaux agents de biocontrôle apparait comme une solution prometteuse complémentaire aux stratégies de protection intégrée. Cependant, les produits de biocontrôle microbien sont souvent perçus par les agriculteurs comme peu efficaces et peu fiables en conditions réelles. Ce manque de stabilité dans la protection est généralement lié à une connaissance encore limitée des facteurs influençant leur efficacité, notamment leurs modes d’action. Compte tenu des résultats prometteurs obtenus précédemment avec deux souches de Bacillus velezensis contre S. sclerotiorum sur colza, en conditions contrôlées et au champ, ce travail a visé à caractériser finement leurs modes d’action afin d’optimiser et de garantir leur efficacité de protection. Pour cela, quatre hypothèses ont été explorées : (1) les bactéries ont un effet direct sur S. sclerotiorum via la synthèse de métabolites à activité antifongique ; (2) les cellules ou les métabolites synthétisés induisent des mécanismes de défense chez le colza (Brassica napus) ; (3) des facteurs microclimatiques, comme la température, influencent la mise en place de ces modes d’action et in fine l’efficacité de protection contre S. sclerotiorum sur colza ; (4) un outil de suivi automatisé de l’infection sur feuille de colza au cours du temps permet de mieux caractériser les modes d’action des agents de biocontrôle. Diverses approches méthodologiques complémentaires ont été mises en œuvre afin de tester ces hypothèses. Les principaux résultats obtenus mettent en évidence la contribution essentielle des lipopeptides dans l’activité anti-Sclerotinia directe observée. Ce résultat est conforté par l’observation d’une efficacité maximale de protection du colza à la température correspondant au pic de synthèse des trois principales familles de lipopeptides (iturines, fengycines, surfactines) par les bactéries. Néanmoins, la réalisation d’un fractionnement bioguidé a révélé la présence de métabolites candidats additionnels, dont certains ne présentent pas d’homologie avec des molécules fréquemment décrites dans la littérature ou même référencées. Le traitement des feuilles de colza avec les bactéries ou leurs métabolites a induit la surexpression de certains gènes impliqués dans la mise en place des défenses des plantes, suggérant une induction de résistance chez le colza. Enfin, un système automatisé d’acquisition et d’analyse d’images a permis d’identifier et de discriminer différentes variables pertinentes (réduction du nombre de feuilles infectées, retard d’apparition des symptômes, ralentissement de la progression fongique), suggérant des modes d’action distincts selon les traitements appliqués. Ces résultats mettent en évidence le rôle majeur de la synthèse de métabolites à effet direct, notamment les lipopeptides, et la mise en place d’une induction de résistance chez la plante dans le mode d’action de ces bactéries. Ils suggèrent également l’existence d’un réservoir encore largement inexploré de biomolécules d’intérêt synthétisées par ces agents de biocontrôle bactériens. La dynamique de mise en place des différents modes d’actions et leur rôle exact dans l’efficacité observée reste cependant à explorer.

Mots-clés : Sclerotinia sclerotiorum, Bacillus velezensis, biocontrôle, modes d’action, produits de fermentation, métabolomique, lipopeptides, Modes d’action, bactérie, mycologie, colza