[Soutenance de thèse] 25/11/2024 – Adriana Atiwich PATTHAMAPORNSIRIKUL : « Comprendre et atténuer l’émergence du « Tomato leaf curl New Delhi virus » en France » (UPR 407 – PV – Pathologie végétale)

Adriana Atiwich PATTHAMAPORNSIRIKUL soutiendra sa thèse le 25 novembre 2024 sur le thème : « Comprendre et atténuer l’émergence du « Tomato leaf curl New Delhi virus » en France ».

Laboratoire

UPR 407 – PV – Pathologie végétale

Composition du jury de soutenance

Mme CECILE DESBIEZ	Avignon Université et INRAE	Directrice de thèse
M. Michel PETERSCHMITT	CIRAD	Rapporteur
Mme Charlotte TOLLENAERE	IRD	Rapporteure
M. Eric VERDIN	INRAE	Co-encadrant de thèse
M. Juan José LÓPEZ-MOYA	CRAG	Examinateur
Mme Manuella VAN MUNSTER	INRAE	Examinatrice
Mme Catherine DOGIMONT	INRAE	Examinatrice
M. Jean-Luc GALLOIS	INRAE	Examinateur
Mme Wanwisa SIRIWAN	Kasetsart University	Invitée

Résumé

Au cours de la dernière décennie, le tomato leaf curl New Delhi virus (ToLCNDV, begomovirus), transmis par l’aleurode Bemisia tabaci, est apparu dans les pays méditerranéens, infectant principalement les cucurbitacées. Il a été détecté en France pour la première fois en 2020, et certains des premiers isolats français observés présentaient un phénotype de récupération (« récupération ») atypique après inoculation sur des courgettes et des melons sensibles. Nous avons donc étudié la variabilité biologique et moléculaire des isolats français, afin de caractériser les risques et les mécanismes d’émergence de ce virus. Nous avons d’abord obtenu différents types de clones infectieux d’isolats français, et optimisé les méthodes d’inoculation pour les étudier biologiquement et moléculairement. De plus, nous avons évalué l’accumulation virales dans différents contextes après avoir développé la qPCR multiplex TaqMan. Nous avons observé que les isolats français, bien qu’appartenant tous au clade « méditerranéen » du ToLCNDV, présentent depuis la première année de détection (2020) une diversité génétique relativement élevée suggérant des introductions multiples. Ils présentent également des pathogénicités différentes avec des symptômes « sévères » ou « récupération », avec une accumulation réduite du virus associée au phénotype « récupération ». Nous avons montré que le virus peut passer l’hiver dans d’autres plantes hôtes telles que la bryone (Bryonia dioica), alors qu’il n’y a aucune preuve de transmission par les semences du melon ni de transmission par l’aleurode Trialeurodes vaporariorum. Des phénotypes ‘sévères’ et ‘ récupération ‘ ont également été observés en France en 2022. La prévalence et la diversité moléculaire du ToLCNDV ont semblé augmenter entre 2020 et 2023. Lors d’une infection mixte d’un isolat de ToLCNDV « récupération » avec le watermelon mosaic virus (WMV), un virus très fréquent dans le sud-est de la France, des symptômes extrêmement sévères ont été observés sur le melon. Le phénotype « récupération », ainsi que l’accumulation réduite de ToLCNDV qui lui est associée, n’ont plus été observés. Nous avons également étudié les effets d’une infection mixte entre le ToLCNDV et un autre virus transmis par B. tabaci, le cucurbit yellow stunting disorder virus (CYSDV), sur l’accumulation du virus, la symptomatologie de l’hôte et la transmission de aleurode. Afin de développer une résistance durable au ToLCNDV, nous avons testé si les déterminants de résistance de trois accessions de melon présentant une forte résistance au ToLCNDV, PI-124112, IC-274014, et WM7, étaient identiques ou différents – dans ce cas, la gestion du virus par pyramidage des déterminants de résistance serait possible -, et nous avons montré que les déterminants de résistance dans ces accessions de melon semblent identiques ou liés. Les essais de contournement de la résistance de ces accessions en situation de stress abiotique (effet de la température et stress de la sécheresse) et de stress biotique (infection mixte par le WMV, zucchini yellow mosaic virus or cucumber mosaic virus) ont échoué, ce qui indique une bonne durabilité potentielle des résistances. Dans cette étude, nous avons démontré que le ToLCNDV français est hétérogène, probablement en relation avec des introductions multiples, et que le maintien ou la (ré)introduction du virus implique la transmission d’aleurodes et l’hivernage viral dans des réservoirs végétaux locaux. Le phénotype de « récupération» associé à certains isolats français a été perdu lors d’infections mixtes avec le WMV, un virus très commun dans le sud-est de la France, ce qui pourrait contribuer au maintien de ces isolats malgré leur faible compétitivité apparente. Le risque d’émergence du ToLCNDV en France est donc élevé, mais les résistances disponibles dans les accessions de melon pourraient contribuer à atténuer l’impact du ToLCNDV sur les cultures.

Mots-clés : ToLCNDV, Melon, Émergence, Épidémiologie, Infections multiples, Résistance