[Soutenance de thèse] 19 avril 2023 – Thibaud Jayet : « Evolution d’agents pathogènes vis-à-vis de résistances partielles du piment : impact sur leur multiplication in planta, sur leur virulence et sur la tolérance de l’hôte », INRAE GAFL et PV

Date et lieu

19 avril 2023
13h30
67 allée des Chênes, domaine St Maurice, 84140 Montfavet

Discipline

Biologie évolutive, phytopathologie

Laboratoire

GAFL et PV

Encadrement

Directrice : Véronique Lefebvre (DR)
Co-directeur : Benoît Moury (DR)

Composition du jury de soutenance

Eugénie Hébrard (IRD) : Rapportrice
François Delmotte (INRAE) : Rapporteur
Nathalie Boissot (INRAE) : Examinatrice
Didier Tharreau (CIRAD) : Examinateur
Véronique Lefebvre (INRAE) : Directrice de thèse
Benoît Moury (INRAE) : Co-directeur de thèse

Résumé de la thèse

La sélection de variétés résistantes est un moyen de lutte efficace contre le développement des agents phytopathogènes, sans utiliser les pesticides. Les résistances partielles aux maladies, souvent à déterminisme polygénique, exercent une pression de sélection plus faible sur les populations d’agents pathogènes que les résistances totales, généralement à déterminisme monogénique, et ont donc un potentiel de durabilité plus élevé. De plus, la tolérance, qui réduit les dommages infligés par un agent pathogène à son hôte, constitue un moyen de lutte efficace pour réduire l’impact économique des agents pathogènes. L’objectif principal de cette thèse est d’étudier l’adaptation des agents pathogènes aux résistances variétales. Une revue systématique de la bibliographie a indiqué que l’interaction statistique entre le type de résistance (totale vs. partielle) et le groupe d’agent pathogène est un facteur clef pour la durabilité des résistances variétales. Les travaux expérimentaux ont porté sur l’évolution du Potato virus Y (PVY) et de l’oomycète Phytophthora capsici sur des lignées apparentées de piment contrastées pour leurs allèles aux QTL (quantitative trait loci) de résistance. Pour le PVY, des populations présentant une accumulation virale in planta, accrue ou diminuée, ou induisant plus de dommages à leur hôte (i.e. plus virulentes) ont été sélectionnées en fonction de la lignée de piment sur laquelle la population virale a évolué. Une tolérance de l’hôte plus faible a été observée pour toutes les populations où une augmentation en virulence a été observée, alors qu’une tolérance de l’hôte plus faible n’a été observée que pour une seule population montrant une augmentation en accumulation virale. Les augmentations en accumulation virale in planta ont été étaient observées spécifiquement chez la lignée de piment la plus résistante et imposant un faible niveau de dérive génétique à la population de PVY à l’étape d’inoculation. Des mutations apparues au cours des évolutions expérimentales ont été associées aux changements en virulence et en accumulation virale et leur implication sera prochainement évaluée par génétique inverse à l’aide d’un clone infectieux de PVY. Pour P. capsici, des populations adaptées ont été sélectionnées sur la lignée possédant uniquement des QTL de résistance à effet mineur. A l’inverse, la lignée possédant un QTL à effet majeur a fréquemment sélectionné des populations montrant des baisses d’adaptation. Les mutations ponctuelles et les évènements d’insertion/délétion associées à ces phénotypes seront identifiées ultérieurement, par séquençage. Ainsi, les travaux de thèse indiquent que l’adaptation des agents pathogènes à leur hôte est influencée par (i) l’interaction entre le type de résistance (totale ou partielle) et le groupe d’agent pathogène, (ii) les combinaisons en allèles aux QTL de résistance du piment et (iii) le niveau de dérive génétique imposée par l’hôte à la population d’agent pathogène. Des évolutions expérimentales sont donc recommandées afin de déployer les résistances variétales les plus durables et de déterminer d’autres facteurs de durabilité pour améliorer les stratégies de déploiement de variétés résistantes ou de tolérantes. Mot cléfs : Evolution expérimentale, PVY, Phytophthora capsici, résistance, tolérance, adaptation